1979年12月22日，桂林市编委下文，批准成立叠彩区人民检察院。1980年1月，叠彩区人民检察院正式挂牌成立。

1982年3月，设办公室、刑事检察科、经济检察科、法纪检察科。

1984年8月，刑事检察科分为刑事检察一科和刑事检察二科，分别办理审查批捕和审查起诉业务。增设监所检察科（该科业务一直没有开展，由市检察院负责）和信访科。

1987年3月，信访科更名为控告申诉检察科。

1988年10月，成立经济、法纪罪案举报站。

1991年6月，设民事行政检察科。

1996年8月，成立举报中心，撤销经济、法纪罪案举报站。11月，经济检察科更名为反贪污贿赂局。

1998年5月，成立司法警察大队。6月，刑事检察一科更名为审查批捕科；刑事检察二科更名为审查起诉科。

1999年11月，设行政装备科和检察技术科。

2001年12月，审查批捕科更名为侦查监督科；起诉科更名为公诉科；法纪检察科更名为渎职侵权检察科；撤消行政装备科和检察技术科，将其并入办公室。

2005年3月，增设人民监督员办公室。

2007年10月，渎职侵权检察科更名为反渎职侵权局。

2012年11月，设立案件监督管理科、职务犯罪预防局和大河乡检察室等内设机构。

2017年12月，反贪污贿赂局、反渎职侵权局和职务犯罪预防局等内设机构整体转隶到叠彩区监察委员会后，院内设机构有：办公室、政工科、侦查监督科、公诉科、民事行政检察科、控告申诉检察科、技术科、人民监督员办公室、案件监督管理科、派驻大河检察室、法警大队。

2019年10月，检察机关进行机构改革，重新确定内设机构的职能配置，改革后的院内设机构有：办公室、第一检察部、第二检察部、第三检察部、政治部和派驻大河检察室。